修藥師法應供養藥師佛的像，並供養香華、鮮花、明燈、淨水、淨果、飲食等，分別表法布施、持戒、忍辱、精進、禪定、智慧等六度。以及施食、放生，代表藥師如來慈悲利益眾生，長壽福樂之意。要祈求自己親友壽命延續，就應該幫助其他眾生延續生命，護生、素食等，都是放生的實踐。
在藥師壇場前供養四十九盞燈（或是供奉七尊藥師如來，每一尊佛前各供養七盞燈），以供燈的光明不絕，象徵生命、慧命的光明及延續；燈是光明的源泉，象徵智慧，佛前供燈可感得智慧開啟，前途光明的果報。而造五色長綵幡，亦是此意，代表生命、慧命的綿長。
爾時眾中，有一菩薩摩訶薩，名曰救脫，即從座起，偏袒一肩，右膝著地，曲躬合掌而白佛言：「大德世尊！像法轉時，有諸眾生為種種患之所困厄，長病贏瘦，不能飲食，喉唇乾燥，見諸方暗，死相現前，父母親屬、朋友知識啼泣圍繞；然彼自身臥在本處，見琰魔使，引其神識至於琰魔法王之前。然諸有情，有俱生神，隨其所作若罪若福，皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時、彼王推問其人，計算所作，隨其罪福而處斷之。時彼病人親屬、知識，若能為彼歸依世尊藥師琉璃光如來，請諸眾僧，轉讀此經，然七層之燈，懸五色續命神旛，或有是處彼識得還，如在夢中明了自見。或經七日、或二十一日、或三十五日、或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知善不善業所得果報；由自證見業果報故，乃至命難，亦不造作諸惡之業。是故淨信善男子善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨力所能，恭敬供養。」
為病人皈依藥師佛，並「然七層之燈」，以象徵生命之光延續不斷。「懸五色續命神旛」即懸掛青、黃、赤、白、黑五種顏色的長幡，祈求延長病人的壽命。為了更詳細了解修持方式，阿難尊者代大眾請示救托菩薩：，應如何才能稱作恭敬供養這位世尊藥師琉璃光如來呢？續命燈幡到底又該怎麼造呢？
爾時、阿難問救脫菩薩曰：「善男子！應云何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來？續命旛燈復云何造？」救脫菩薩言：「大德！若有病人，欲脫病苦，當為其人，七日七夜受持八分齋戒。應以飲食及余資具，隨力所辦，供養苾芻僧。晝夜六時，禮拜行道，供養彼世尊藥師琉璃光如來。讀誦此經四十九遍，然四十九燈；造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，乃至四十九日光明不絕。造五色彩旛，長四十九褶手，[1]應放雜類眾生至四十九，可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。」
救脫菩薩告訴大家，當親友重病垂危時，若要為其消災延壽，應恭敬供養藥師如來。首先應持八分齋戒七天七夜。即在七天七夜中約束自己的身心，不殺生、不偷盜、不淫慾、不妄語、不飲酒、不睡太舒服的床，不看電影電視歌舞戲劇等，不用化妝品和香花等修飾自己，過午不食。清心寡慾，恬淡安寧。這樣保持身心純潔七天七夜。
其次，「應以飲食及余資具，隨力所辦，供養苾芻僧」。應根據自己的能力，供養出家法師，供養他們各種清淨的飲食，以及各種生活用品和物資。
再次，應「晝夜六時，禮拜行道，供養彼世尊藥師琉璃光如來。」晝夜六時指早晨、日中、日沒、初夜、中夜、後夜六個時辰。一日一夜中晝三時，夜三時，合稱六時。虔誠供養藥師佛，在持戒的七天七夜中，晝三時、夜三時都要禮拜藥師佛。
再次，應該誦讀此經四十九遍。
在佛力的加被下，若業報未盡，則能讓琰魔使不勾他的神識，其他各種各樣橫暴凶惡的鬼類也傷害不了他。若業報已盡，則也不會受到冤親之影響，順利往生善道乃至佛國淨土無障礙！
另外，護法居士已十二盆小文心蘭，代表「十二藥叉大將的護法」。在藥師法會上，有十二位藥叉大將，聽完佛所說的《藥師經》後，當下受益，即刻就從惡趣恐怖中解脫了。因此他們在法會上立下誓言，至心皈依三寶，做藥師佛的護法神將。經云：
爾時、眾中有十二藥叉大將，俱在會坐，所謂：宮毗羅大將，伐折羅大將，迷企羅大將，安底羅大將，頞你羅大將，珊底羅大將，因達羅大將，波夷羅大將，摩虎羅大將，真達羅大將，招杜羅大將，毗羯羅大將：此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉，以為眷屬。同時舉聲白佛言：「世尊！我等今者蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利，饒益安樂。隨於何等村城圍邑，空閒林中，若有流布此經，或復受持藥師琉璃光如來名號恭敬供養者，我等眷屬衛護是人，皆使解脫一切苦難，諸有願求，悉令滿足。或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷，結我名字，得如願已，然後解結。」爾時、世尊贊諸藥叉大將言：「善哉！善哉！大藥叉將！汝等念報世
尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情。
「藥叉」又譯作「夜叉」，[2]是天龍八部之一。藥叉種類極多，性情不一，有的凶惡，有的善良。歸順佛法，護持佛法的就是善良的藥叉。藥叉都受毗沙門（多聞）天王統領。藥叉中，擔任領導的叫藥叉大將。法會上聽佛說法的十二位藥叉大將，其名號及意義為：
一、宮毗羅大將：宮毗羅意思是蛟龍，其塑像頭頂常有一金龍做標誌。住在王舍城的一座山上，以赤誠之心處處護法。有一次，釋迦佛從靈鷲山經過，提婆達多由山頂推下一塊巨石，想謀害釋尊。宮毗羅見後，忙用金剛杵迎擊，巨石頃刻粉碎，僅一小塊石頭落在佛的腳趾上，弄破佛趾的皮膚，出了一點血。為相當具有功績的護法藥叉。
二、伐折羅大將：意思是金剛。因其手中常執金剛杵。所以也可稱之金剛大將。
三、迷企羅大將：意思是金帶，其腰間束有金帶。
四、安底羅大將：意思是破空山。
五、頞你羅大將：意思是沉香。
六、珊底羅大將：意思是螺女形，其首冠花，發如螺形。
七、因達羅大將：意思是能天主或地持。其身紅色，執寶棍。
八、波夷羅大將：意思是鯨魚，長大如鯨故得名。
九、摩虎羅大將：意思是蟒龍。
十、真達羅大將：意思是一角，因其頭上長有一角。
十一、招杜羅大將：意思是嚴幟。
十二、毗羯羅大將：意思是善藝。
這十二位藥叉大將，各統領七千藥叉（經文：「一一各有七千藥叉，以為眷屬。」[3]）他們在接受佛法以前，屬於三惡趣中的鬼趣，經常處於流轉惡趣的恐怖之中。在法會上聽完釋迦佛以及救脫菩薩宣講的藥師法後，深受教益，從此不再有墮惡趣的恐怖，所以異口同聲地對佛說：「世尊！我等今者蒙佛威力，得聞世尊
藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。」
十二位藥叉大將及其眷屬，至誠表示願歸依佛法僧，為護持佛法貢獻一切：「我等相率，皆同一心，乃至盡形歸佛法僧」。並在釋尊面前發下宏誓說：「誓當荷負一切有情，為作義利，饒益安樂。」[4]無論在鄉村還是城鎮，只要有《藥師經》流布的地方，只要有人受持藥師佛
名號，供養藥師佛，他們就會前去護衛，使其脫離一切苦難，有願皆遂。十二神將時時刻刻護衛佛法，護衛善良的人們。
十二藥叉大將並云：「或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷，結我名字，得如願已，然後解結。」如果有人遇到災厄病難，要求得藥師神將的保護幫助，可以先誦讀《藥師經》，然後用五色綵線編結他們的名字，願望實現後再把結解開。
[2] 梵語 yaksa，巴利語 yakkha。八部眾之一。通常與「羅剎」（梵 rāksasa）並稱。又作藥叉、悅叉、閱叉、野叉。意譯輕捷、勇健、能噉、貴人、威德、祠祭鬼、捷疾鬼。指住於地上或空中，以威勢惱害人，或守護正法之鬼類。夜叉受毘沙門天王統領，守護忉利天等諸天，得受種種歡樂，並具有威勢。
經典中常述及身為正法守護神之夜叉。如《藥師如來本願經》載，宮毘羅、跋折羅等十二夜叉大將，誓言護衛藥師如來本願經之受持者。於密教中，據大日經疏卷一載，密迹力士為夜叉王，稱為金剛手，或執金剛。
[3] 眷屬：就是親眷和部屬。佛菩薩都有眷屬，凡接受佛菩薩正法，助佛菩薩行教化的眾生，都可稱為佛菩薩的眷屬（法眷屬）。舍利弗、目犍連、文殊菩薩、彌勒菩薩等都是釋迦佛的大眷屬。藥叉大將所統領的藥叉，都聽命於藥叉大將，並幫助藥叉大將護持佛法，所以稱之為眷屬。
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